Kutsal İncirin Tohumu, Tahran'daki siyasi huzursuzluğun ortasında paranoyayla boğuşan bir hakimin yaşadıklarını konu ediyor. Aile babası olan hakim Iman, Tahran'daki Devrim Mahkemesi'nde sorgu yargıcı olarak terfi ettirilir. Bu sırada genç bir kadının öldürülmesiyle ülke çapında bir protesto dalgası patlak verir. Gösteriler büyüdükçe Iman'ın bir karar vermesi gerekir ve giderek sertleşen rejimin yanında yer almayı seçtiğinde ailesinin dengeleri bozulur. Kızları Rezvan ve Sana direnişin safındadır ve karısı çaresizce aileyi bir arada tutmaya çalışır. Silahının kaybolduğunu fark ettiğinde karısından ve kızından şüphelenen Iman, aile bağlarını iyice geren acımasız kurallar uygulamaya başlar.
